Вот есть n бюджетных мест. Соответственно, на них претендуют первые n человек из рейтингового списка. Эти n человек помечаются как "рекомендованные к зачислению", остальная часть списка - резерв. В течение волны списки могут обновляться или нет (зависит от вуза). К примеру, у нас списки обновлялись буквально каждые 1-2 часа во время работы приёмной комиссии. Происходило это так. 
Сидящие в комиссии люди обзванивали тех, кто был рекомендован к зачислению. Кто-то после этих звонков приезжал в университет и писал второе заявление, которое нужно для зачисления, и привозил подлинники документов, если не сделал этого ранее, а кто-то говорил, что прошёл на другое направление или в другой вуз, и снимался с конкурса на это направление. Соответственно, последние исчезали из списков, и освободившиеся места в списке рекомендованных занимали те, кто до этого находился ниже позиции n и в список рекомендованных не входил. И цикл повторялся: звонки из ПК, написание второго заявление либо отказ от конкурса. Это повторяется до конца первой волны. 
Когда первая волна заканчивается, оказывается, что из n рекомендованных к зачислению привезли подлинники и написали второе заявление только k абитуриентов, т.к. далеко не все отказываются от конкурса (до последнего не могту определиться, либо не берут трубку). Эти k абитуриентов становятся зачисленными в первую волну, а остальные (n-k) из конкурса выбывают. Самый низкий балл среди этих k зачисленных становится проходным баллом первой волны. 
После окончания первой волны остаётся (n-k) свободных мест. На них происходит конкурс во второй волне точно так же, как происходил в первой. Да, мест стало меньше, но и списки "поднимаются" быстрее, потому что многие из тех, кто попадает в список рекомендованных к зачислению во вторую волну, уже зачислены в другие вузы в первой волне. Во второй волне мало кто довозит оригиналы - те, кто хотел "бороться до последнего", привезли их сразу, а остальные уже ушли в другие вузы. Поэтому те, кто рекомендован к зачислению во вторую волну с копией - фактически мёртвая душа. Если к концу волны остаются такие "мёртвые души", ПК обзванивает ниже в списках резерва абитуриентов с оригиналами, которые явно заинтересованы в зачислении, и приглашает их приехать в последний день волны. Если "мёртвые души" не объявляются, то эти зачисляются эти абитуриенты из резерва (т.н."неофициальная третья волна"). Самый низкий балл среди зачисленных во вторую волну и с становится итоговым проходным баллом на данное направление. 

Из всего выше написанного следует то, что во второй волне шансов пройти только больше (особенно в её конце), т.к. исчезает ерунда, вызванная возможностью подать документы на кучу направлений. Не знаю, изменилось ли сейчас что-то, но в прошлом году можно было подать в 5 вузов на 3 направления в каждом. Соответственно, максимально 15 мест, где "конкурирует" один и тот же абитуриент, при том, что зачислен он будет только в одном месте, т.е. в 14 местах он будет "мёртвой душой". А уж персонажей, имеющих под 300 баллов по 3 предметам, которые давно определились с желаемым местом обучения (и которые, естественно, с таким баллом туда пройдут) и оттащили туда оригиналы, но которые подают документы в остальные 12 мест, чтобы потешить собственное самолюбие, везде найдётся немало. И они первую волну везде неслабо так портят) 
Также не стоит считать, что основной конкурс происходит в первой волне - к примеру, на второе направление моей кафедры в первую волну были зачислены только двое, а оставшиеся 8 - во вторую.